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苹果手机查询已删除的短信，有以下几种方法可以尝试。
1、iTunes备份还原：如果之前有使用iTunes备份过手机数据，那么可以通过iTunes恢复已删除的短信，具体步骤包括打开iTunes，点击“恢复备份”，选择最近的备份文件，点击“恢复”，等待恢复过程完成即可，需要注意的是，此方法会覆盖当前手机中的所有数据，需要提前做好数据备份。
2、专业软件恢复：可以通过第三方数据恢复软件来恢复已删除的短信，使用万兴数据恢复软件等，根据软件界面提示进行扫描和恢复，这种方法适用于没有备份的情况下恢复数据。
3、iCloud备份恢复：如果开启了iCloud备份并且备份包含了已删除的短信，可以通过iCloud备份恢复数据，具体步骤包括打开iPhone的设置，点击“通用”，选择“还原”，然后选择“从iCloud备份恢复”，等待恢复过程完成即可，同样需要注意，此方法也会覆盖当前手机中的所有数据。
方法都需要根据具体情况尝试，并且数据恢复的成功率可能受到多种因素的影响，建议定期备份手机数据以防万一，以上操作可能涉及到个人隐私和安全问题，建议在操作过程中谨慎对待，如果遇到困难，建议寻求专业人士的帮助。